Die Spitalapotheke stellt die Versorgung der Spitäler Schaffhausen mit Arzneimitteln und Medizinprodukten (z. B. Desinfektionsmittel) sicher. Zudem ist sie verantwortlich für die Bewirtschaftung des Antidota-Sortimentes  (Mittel zur Therapie von Vergiftungen) und eines Katastrophenvorrates.

Austretende oder ambulante Patienten können ihre Rezepte am Medikamentenschalter einlösen. Diese Rezepte werden von einer Apothekerin validiert, die Produkte bereitgestellt, beschriftet und abgegeben. Die Verrechnung erfolgt i. d. R. über die Krankenkasse.

Um die Arzneimittelsicherheit zu gewährleisten, steht Fachpersonen eine Datenbank AMeLi zur Verfügung. Diese stellt über alle gelisteten Arzneimittel pharmazeutische Informationen zur Verfügung. Um Anfragen kompetent beantworten zu können, haben wir zudem Zugriff auf grosse pharmakologische Datenbanken.

In der Spitalapotheke werden individuell für die/den Patientin/Patienten Arzneimittel wie z. B. Zytostatikalösungen (Krebsmedikamente) oder Schmerzpumpen hergestellt.

Die Spitalapotheke wurde als Weiterbildungsstätte für die Weiterbildung zur/zum Spitalapothekerin/Spitalapotheker FPH durch die GSASA anerkannt.

Die Spitalapotheke unterstützt die klinische-Pharmazie in der Optimierung der Arzneimitteltherapie am und durch den Patienten.