Mit der Inkraftsetzung des neuen Spitalgesetzes auf den 1. Januar 2006 wurden die Spitäler Schaffhausen zu einer «selbständigen Anstalt des öffentlichen Rechts». Unter dieser Rechtspersönlichkeit sind das Kantonsspital, das Pflegezentrum (Langzeitpflege), die Psychiatrischen Dienste sowie die Rehabilitation zusammengefasst.

Die Führungsstruktur ist charakterisiert durch eine departementale Organisation mit einer neunköpfigen Spitalleitung, die vom Spitaldirektor geführt wird.

Der fünfköpfige Spitalrat ist für die strategische Führung zuständig.